在上胃肠道内窥镜检查期间获得的十二指肠组织的组织学检查是用于诊断乳糜泻的当前标准标准。胶囊内窥镜检查被认为是一种替代诊断工具，因为它提供的放大倍数足以对绒毛进行成像并检测绒毛萎缩（见下图）。在对43名血清学和症状提示患有乳糜泻的患者的研究中，Rondonotti等人使用上消化道内镜检查获得的活检结果来评估胶囊内镜作为乳糜泻的诊断工具。

在另一项研究中，经验丰富的胃肠病学家审查了胶囊内窥镜检查结果，如扁平粘膜，马赛克外观和扇形十二指肠褶皱，然后将这些结果与活检结果进行比较; 胶囊内镜检查的敏感性为87.5％，特异性为90.9％。

在包括17名患者的初步研究的基础上，De Vitis等人提出胶囊内镜检查通过提供有关疾病并发症（例如，糜烂性空肠炎）的数据和确认粘膜损伤的程度来补充传统内窥镜检查以评估乳糜泻。