脑室 - 心房分流术的并发症可能包括以下内容：

• 分流诱导的免疫复合物肾小球肾炎 - 表皮葡萄球菌的慢性分流感染 可能导致肾小球免疫复合物沉积，引起严重的肾小球肾炎; 这种损伤通常立即响应分流的外化和适当的抗生素治疗

• 微栓子引起的肺动脉高压 - 心房内的导管可能导致慢性微栓塞，从而导致肺动脉高压

• 心内膜炎

• 伤口/脑脊液分流感染  - 脑脊液分流感染率有所不同，但通常报告约为5-8％; CSF分流感染需要在抗生素治疗感染期间切除分流器并放置外部心室引流管

• 超出分流 - 随着患有脑室分流术的孩子的增长，分流器将慢慢退出心房，这一过程可能导致分流功能障碍

• 心电图不稳定

• 分流器故障 - 所有分流器在插入或翻修后的前两年内容易发生故障，发生率为40％; 患者及其家属应该意识到这一点，并在发生时采取适当的措施

• 迟发性颅内出血 

SVC血栓形成是室性心房分流术的罕见并发症。静脉导管的肌内移植也很少见，但已有报道。