IBD的症状取决于炎症的部位和严重程度，但可能包括：

腹泻，当肠道受影响的部分无法吸收水分时发生

溃疡出血，这可能会导致大便中出现血液（一种称为便血的情况）

肠梗阻引起的胃痛，绞痛和腹胀

体重减轻和贫血，可能导致儿童身体发育迟缓

克罗恩氏病患者的口中还会出现溃疡疮。有时在生殖器部位或肛门周围也会出现溃疡和裂痕。

IBD也可能与消化系统之外的问题相关，例如：

眼睛发炎

皮肤疾病

关节炎