与所有肾结石手术一样，可能发生尿路感染或肾盂肾炎。肾周脓肿可能需要经皮引流。保留的碎石，输尿管/肾盂瘢痕和梗阻是可能需要额外开放或内窥镜泌尿外科手术的可能性。

与任何手术一样，肺不张是结石手术最常见的并发症。积极的激励肺量计和患者走动有助于治疗这种情况。一些患者提倡短暂的过度通气，术后立即进行剧烈肺扩张，同时患者仰卧并且在拔管前。

由于肋间神经损伤和筋膜闭合破坏引起的侧腹疝/松弛通常是良性的，但对患者来说非常麻烦。这种修复很难获得足够的美容效果。据报道，用于闭合肾盂切口的缝合线上形成石头。

其他并发症包括尿漏或尿路，尿瘘（皮肤或肠道），出血，动静脉畸形，假性动脉瘤和胸膜/肺部气胸损伤。收集系统和皮肤之间的尿漏和瘘管的绝大多数病例可以用输尿管支架治疗; 如果在确认泄漏时未放置或已经移除术中引流管，则可能需要经皮放置肾周围引流管。还可能需要留置尿道导管以使来自瘘管的流动转向并使其密封。

通常可以保守治疗并监测由于医源性胸膜损伤而没有呼吸窘迫的小气胸。较大的气袋可以通过抽吸或胸管进行治疗。如果还存在肺损伤，胸管应该是最初的治疗方法。

有时可以用支架，尿道留置导尿管，肠道休息和肠外营养来治疗肠瘘。如果瘘管对这种保守治疗没有反应，则可能需要手术修复和可能的肾切除术和/或肠切除术。

出血，动静脉畸形和假性动脉瘤可能是严重的问题，可能需要栓塞，紧急手术干预，输血，可能的肾脏损失，甚至在极端情况下的生命损失。