手术宫腔镜检查是一种安全的手术，导致0.95-3％的病例并发症。最常观察到的并发症包括出血（2.4％），子宫穿孔（1.5％），和宫颈裂伤（1-11％）  ; 另一种罕见的并发症是伴有或不伴有低钠血症的过度液体吸收。

子宫穿孔术是宫腔镜手术最常见的并发症之一，发生率为0.7-3％。患者应该意识到可能需要同时进行腹腔镜检查。 发生子宫穿孔最常粘连期间，随后肌瘤和隔片切除，但宫腔镜的插入过程中也可能发生。穿孔通常通过直接可视化来诊断，但是在流体缺乏，不受控制的出血和血液动力学不稳定性的不明原因的快速增加的情况下也应该被怀疑。可以保守地管理由子宫声，宫颈扩张器，宫腔镜或其他钝器械制成的子宫底中的止血穿孔。

麻醉后恢复室的观察应包括监测生命体征，尿量，以及某些情况下的血细胞比容。通过后部或外侧子宫或尖锐或电灼器械的穿孔应该促使腹腔镜检查，因为可能会损伤骨盆内脏或脉管系统。如果发现前穿孔，应进行膀胱镜检查以评估膀胱损伤。