虚拟结肠镜的缺点，在虚拟结肠镜检查期间，不可能采集组织样本（活组织检查）或切除息肉，因此如果发现异常，必须进行常规的结肠镜检查。此外，VC没有显示出与传统结肠镜检查一样多的细节，因此直径小于2到10毫米的息肉可能不会出现在图像上。与CT进行另外虚拟结肠镜检查使患者暴露于电离辐射，一个毫量级灰色。一些研究已经证明，由于空气与包含结肠内壁的组织之间的X射线吸收的巨大差异，超低剂量VC在证明肠病方面同样有效。光学结肠镜检查被绝大多数医学和研究界视为结直肠癌筛查的“ 黄金标准 ”。然而，一些放射科医生建议VC作为结直肠筛查的首选方法。虚拟结肠镜检查受到一些专业人士的青睐，因为它允许完整可视化整个结肠，从而提供更多识别癌前息肉和癌症的机会，然后迅速进行诊断性活检或治疗性切除这些病变。

MRI结肠成像（MRC）允许类似的可视化而无需辐射暴露。它可以检测到较大的腺瘤和瘤形成，具有高特异性，但灵敏度低于传统的结肠镜检查。