经食管切除术是良性食管疾病患者的首选方法，例如食管狭窄和Barrett食管伴有高度不典型增生。可以进行经食道食管切除的其他良性条件包括：

神经运动功能障碍（贲门失弛缓症，食管痉挛/运动障碍）

硬皮病

复发性胃食管反流/复发性食管裂孔疝（多次胃底成像失败）

急性穿孔

急性烧伤