经食道食管切除术最常用于食道癌。推荐用于中间（低于隆突水平）的早期食道癌和食道的下三分之一（食管胃交界的I型和II型肿瘤）。然而，经食道食管切除术在某些食管上段可能是可行的。 

对于不适合接受胸廓切开术的患者，还对晚期食管癌进行了经食道食管切除术。

腺癌和鳞状细胞癌是经常切除的癌症。不太常见的食管恶性肿瘤包括：

腺鳞癌

淋巴瘤

分化差的癌症

神经内分泌肿瘤

间质恶性肿瘤

癌肉瘤。