大多数结石起源于肾脏并向远端行进，在狭窄区域（包括输尿管肾盂交界处，骨盆边缘和输尿管膀胱交界处）形成不同程度的尿路阻塞。疼痛的位置和质量与泌尿道内的结石位置有关。疼痛的严重程度与阻塞程度，输尿管痉挛的存在以及任何相关感染的存在有关。

阻塞输尿管肾盂连接处的石头可能由于肾囊的扩张而出现轻度至重度的深侧腹痛，而腹股沟无辐射。输尿管内受到撞击的石块会导致侧腹和同侧下腹部出现突然，严重的绞痛，伴有睾丸或外阴区域的辐射。通常存在强烈的恶心，伴有或不伴有呕吐。

输尿管上段结石的疼痛往往会辐射到侧腹和腰部。在右侧，这可能与胆囊炎或胆石症相混淆; 在左侧，鉴别诊断包括急性胰腺炎，消化性溃疡病和胃炎。

中鼻道结石引起前后和尾部放射的疼痛。特别是这种中间疼痛很容易模仿右侧的阑尾炎或左侧的急性憩室炎。

输尿管远端结石会引起疼痛，这些疼痛往往会辐射到女性的男性或大阴唇的腹股沟或睾丸中，因为疼痛是从髂腹股沟或生殖器神经引起的。

住在输尿管膀胱连接处的石头也可能引起刺激性排尿症状，如尿频和排尿困难。如果在输尿管内输入结石，症状可能与膀胱炎或尿道炎相似。这些症状包括耻骨上疼痛，尿频，尿急，排尿困难，绞痛，阴茎尖部疼痛，有时还有各种肠道症状，如腹泻和里急后重。这些症状可与盆腔炎，卵巢囊肿破裂或女性扭转和月经疼痛相混淆。

进入膀胱的结石通常无症状，在排尿时相对容易通过。很少有患者报告位置性尿潴留（由于站立导致的阻塞，由于卧床而缓解），这是由于位于膀胱出口处的大石头的球阀效应造成的。