肩关节镜检查的并发症并不常见，但也很少发生。感染率往往非常低。肩部手术最常见的并发症是手术后僵硬和长期康复。这通常可以通过物理治疗来控制。有时，肩关节镜检查会导致肩周炎，这会使康复变得具有挑战性。肩关节镜检查的一种罕见并发症称为软骨溶解。这是关节镜肩部手术后出现的一种非常罕见但特别严重的并发症。