过去，医生认为溃疡是由压力或辛辣食物引起的。现在知道情况并非如此，尽管这些因素可能会加重现有的溃疡。

大多数情况下，食道溃疡是由被称为细菌引起的幽门螺旋杆菌，或幽门螺杆菌的简称。细菌会破坏食道的粘膜内层。这使得食道更容易受到胃酸的损害。

一种被称为胃食管反流病 (GERD)的慢性病也可能最终导致食管溃疡。胃食管反流病患者经常出现胃酸倒流。

当胃内容物向后移动到食道时会发生酸反流。当下食道括约肌（收紧以防止胃中的食物向上移动的肌肉）减弱或受损，使其无法正常关闭时，就会发生这种情况。

患有 GERD 的人每周会经历两次以上的胃酸倒流。

吸烟、过量饮酒和频繁使用非甾体类抗炎药 (NSAID)，如布洛芬，也会损伤食道粘膜并导致溃疡。遗传学也可以发挥作用。

一些药片，如钾，可能会引起食道刺激和溃疡，尤其是在没有足够水的情况下服用或服用后立即躺下。无论何时服用任何类型的药丸，重要的是用大量的水吞服它们。

在免疫系统受损的人群中，食管溃疡可能由其他细菌、真菌或病毒感染引起，包括：

艾滋病病毒

念珠菌过度生长

单纯疱疹病毒

巨细胞病毒