计划进行膀胱镜检查或麻醉膀胱镜检查并经尿道膀胱肿瘤切除术（TURBT）的患者必须在仪器前记录无菌尿液。通常根据微观尿液分析推测无菌，不显示细菌或白细胞（WBC）。尿培养是理想的，但对于监测膀胱镜检查并不总是可行的。

使用仪器进行尿路感染的风险约为1％。因此，作者建议对手术室内患者进行膀胱镜检查和静脉注射抗生素（即头孢唑啉，庆大霉素）的单剂量氟喹诺酮。过敏可能促使使用替代抗生素治疗方案。

根据瓣膜性心脏病的病史，一些患者需要额外的抗生素。美国心脏协会指南建议预防这些患者预防心内膜炎。

在中度风险患者中，在手术前至少30分钟静脉内或肌内注射2g 氨苄青霉素（或在手术前至少1小时口服阿莫西林 2g ）。在对青霉素过敏的患者中，可以替代在手术前至少30分钟完成1-2小时静脉注射1g剂量的万古霉素。高风险患者在手术前30分钟胃肠外注射120 mg庆大霉素，6小时后接受第二剂氨苄青霉素或阿莫西林。

根据临床情况，假肢患者可能需要额外的抗生素。